Como campeón nacional, el club se clasificó para jugar en la UEFA Champions League en 1992-93, pero fue eliminado en la primera ronda por el Leeds United después de un tercer partido de desempate en Barcelona que fue requerido debido a que el entrenador Christoph Daum había sustituido a un cuarto. En la final de la Copa de la UEFA de 1989, con Jürgen Klinsmann en sus filas, perdió ante Napoli.
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Desaparecieron la Recopa de Europa (denominada Copa Saporta en honor al histórico dirigente) y la Copa Korac, naciendo una nueva competición, camiseta de francia la Copa ULEB. Además, en la temporada 2000/01, en la que quedó subcampeón de Liga y de Copa (cayendo ante el Barcelona en sendas competiciones), Florentino Pérez nombra a Emiliano Rodríguez presidente de honor de la sección de baloncesto (en 2009 también de la Asociación de Veteranos), uno de los mejores jugadores de la historia del baloncesto europeo.
