El caso llegó a altas instancias y se acordó que Di Stéfano jugase en años alternos en Barça y Madrid -siendo el primero de ellos para el cuadro blanco-. Fue el caso de Casillas, Arbeloa y Marcelo. Franco obligó a españolizar el nombre del club y suprimió los signos catalanistas de su escudo, que ha sufrido hasta 10 modificaciones a lo largo de su historia. Su nítido posicionamiento con el movimiento republicano le condujo a sufrir depuraciones con la victoria del bando nacional: la españolización del nombre (de Futbol Club Barcelona a Club de Fútbol de Barcelona), la supresión de la senyera catalana en el escudo, la gira por México y Estados Unidos en 1937 para hacer caja y enjugar el déficit económico de la entidad -que comportó el exilio de varios futbolistas en Centroamérica y otros en Francia-; así como el cambio de directivos para que fuesen afines al régimen entre 1923-1930 y 1939-1946. Tampoco hay que olvidar que, previamente, durante la dictadura de Miguel Primo de Rivera, se suspendió la actividad del Barça durante seis meses (aunque fue reducida a tres) por pitar la Marcha Real en un partido de homenaje al Orfeó Català, que enfrentó a los blaugrana con el Júpiter en el Camp de Les Corts.
Su actividad parlamentaria a nivel nacional con la formación catalanista le llevó a visitar, de forma fatal, el frente republicano en Madrid: acabó fusilado un 6 de agosto de 1936, tras entrar su coche por error en una zona controlada por el bando nacional en la Sierra de Guadarrama. Tanto en el bando madridista como en el barcelonista, la «cercanía» con el régimen parece probada históricamente, en un contexto de represión sistémica de los opositores al franquismo. El Real Madrid publicó un video con imágenes de archivo en el que supuestamente se muestra la cercanía entre el Fútbol Club Barcelona y el régimen franquista. El FC Barcelona ha iniciado el conflicto -una cortina de humo de manual- y el Real Madrid -vía televisión del club- ha replicado con imágenes del No-Do. El directivo también ha insistido en que el club culé no teme por que el Real Madrid haya recortado distancias en la tabla y que existe tranquilidad con el estado de Leo Messi. El presidente blaugrana denunció una «campaña orquestada para destruir la reputación del Barcelona» y criticó abiertamente al Real Madrid, al que calificó de «club del régimen del general Franco». El Barcelona de los Ramallets, Kubala o César estaba en una situación pésima económicamente hasta que una recalificación autorizada personalmente por Franco en 1965 le salvó de la bancarrota.
Esta crítica es utilizada a menudo por los detractores del Madrid, considerado históricamente el club del poder, del dinero y de Franco, mientras que el Barcelona suele ser vinculado al movimiento independentista catalán. Absolutamente. Era un aristócrata por encima del bien y del mal, equipacion barça al que no le podía pasar nada. “Por motivos ajenos a nuestra voluntad anoche se retuiteó desde la cuenta oficial de la ACB una publicación que nada tiene que ver con nuestra competición. Desde el club se instó a la ACB a que rectificara y pidiera disculpas, como así hizo con un tuit y un comunicado. El máximo mandatario culé optó, sin embargo, por echar balones fuera, adoptar el papel de víctima de orquestada campaña y señalar al eterno rival como instigador de una persecución, además de como equipo históricamente beneficiado por los estamentos arbitrales y de gobierno. Pero ni así. En cambio, durante su mandato sí asistió a dos finales de la Champions League del conjunto azulgrana: la de París en el 2006 y la de Roma en el 2009. Sin embargo, en el 2011 no pudo ir a Wembley por problemas de agenda.
